Sok más székelyföldi településhez hasonlóan, Csíkkozmás első okleveles említése is az 1332-es pápai tizedjegyzékben lelhető fel. Imre nevű papja 3 banálist fizetett a pápai tizedbe (,,Emericus de SS. Cosma et Damiano solv. 3 ban. ant.”). Ekkor a jegyzékben 30 ház szerepelt. A települést a Diocletianus császár idejében (Kr. u. III. sz.) vértanúhalált halt Szent Kozmáról nevezték el. Ezelőtt, hogy hívták az itteni településeket, nem lehet pontosan tudni, de viszont a „Canonica visitatio” jegyzőkönyv adatai alapján községünk eredeti neve (pogány neve) Girgicfalva, ami valószínűleg a mai Görgős elnevezésű dűlőn, az Olttól nem messze terjedt el. Valószínű, hogy az Olt gyakori áradása kényszeríttették a lakosságot, hogy a hegyek felé húzódjanak. Így a lakosság egy része a mai Kozmás helyére, másik része pedig a Verebesi dombon helyezkedett el. Az árpádházi királyok idejéből nem maradt semmi írásos emlék, csupán egy szenteltvíztartó és keresztelőkút a templomban (ma is látható), amely azt igazolja, hogy e helyen árpádkori templom volt.
A Domus Historiaból maradt jegyzetek alapján Kozmás elnevezést a XII. Században kapta, amikor a templomot építették, és védőszentjéül a Szent Kozma és Demjén nevet vette fel. A gótikus stílusban épített templomot később többször átalakították. Ennek ellenére a templom szentélye teljes egészében megőrizte gótikus jellegét, a gótikus faragványok közül különösen figyelemre méltóak az emberfej alakú gyámkövek. 1766 és 1771 között a templom jelentős átalakulást szenvedett. A hajó festett kazettás mennyezetét barokk boltozatra cserélték, a fa kórus helyett barokk kőkórust emeltek, a tornyot megmagasították. 1761-ben az északi fal áttörésével a templomhoz építik a Nepomuki Szent János kápolnát. Ezen munkálatok megrendelője az a Tompos Péter plébános volt, aki a Szent Anna tó mellett levő kápolnát is felépítette.A templomkertben lévő barokk kőkereszt 1710-ből való. Hargita megye műemlékeinek hivatalos jegyzékében képzőművészeti műemlékként szerepel.
Csíkkozmás falutörvényéről is híres, melyet 1608-ban fogadtak el.
A 17. Század végének katonai és politikai eseményei, a Habsburg-török egyensúly megváltozása Erdély önállóságának a megszűnéséhez vezetett. Az osztrák uralom álladósulása kihatott acsíkiak, így a Csíkkozmásiak életére is. Kezdetben a legnagyobb nehézséget a katonai elszálásolások (Gr. Thököly Imre csapatai táboroztak öt napig a papi telken, jelentős károkat okozva), valamint a Habsburg adórenszer jelentette. Ehhez járultak a sok szárazság, a szegénység valamint a járványok (az 1719-es pestisjárvány áldozatainak az emléktáblája a templomkerités falán látható).
A madéfalvi veszedelem következtében a Székely határőrezred erőszakos felállítása után Csíkkozmáson volt az egyik kiképző „laktanya” (ma is úgy hívják, bár 1948 óta állami elemi iskola működik benne) és „gyakorlótér” (sitzház = Schützhause), s ezért ott Csíkkozmáson volt 1775. Szeptember 14-én a szék és a katonaság rendelkezéseit egyeztető értekezlet.
Csíkkozmás gazdasági életében mérföldöknek számítanak azok a 19. század első felében kibocsátott oklevelek, amelyek révén a település vásártartási jogot nyert. 1833-tól két országos, Szent Pál és Szent István napi vásár, 1841-től pedig keddnapi hetivásár tartására kapott engedélyt a település.
A Csíkkozmás melletti Nyerges-tetőn próbálta megállítani 1849. augusztus 1-jén Tuzson János alezredes honvédjeivel az osztrák – orosz csapatok behatolását Csíkba. A székelyek élethalálharcot vívtak Eduard Clam-Gallas osztrák tábornok vezette osztrák és orosz csapatokból álló ellenséges hadserege ellen. A kis székely hadsereg, azonban önfeláldozó küzdelme ellenére vereséget szenvedett, egy kászoni származású ember árulásának köszönhetően, és visszavonulásra kényszerült. Az ütközetben sokan életüket vesztették.
Jelenleg a csata helyszínén emlékoszlop őrzi a csatában elesett hősök emlékét. Az emlékművet Poulini János csíkzsögödi kőfaragó mester készítette el a Bukarestbe költözött kozmási székely honfiak, és honleányok adományának segítségével. A szobor avatására 1897 augusztusában került sor egy nagyszabású ünnepség keretén belül, ahol több mint ötezren vettek részt. Az eseményen jelen volt a kis székely sereg vezére, Tuzson János is. Az emlékművel átellenben, tömegsírba hantolták el az ütközet áldozatait, akiknek emlékét többek közt számtalan kisebb-nagyobb fa- és vaskereszt, valamint sok kopjafa őrzi.
1854-ben Kozmás úgy szerepel, mint járási székhely.
1860-ban hatalmas árvíz pusztít a faluban, 1870-ben nagy jégverés volt. 1887-ben nagy égés pusztít, melynek nyomai ma is láthatók a Paphegyen, Kopacon.
Csíkkozmásnak 1914-1918-as években, az első világháború idején elég nagy vesztesége volt. A polgármesteri hivatalnál levő emléktábla 64 csíkkozmási nevét őrzi, melyet 1941 augusztusában állított emlékmű őriz, amely emlékművet 1967-ben a község rendelése alkalmával lebontottak. Ezt a műemléket 1990-ben Csíkkozmás lakossága helyreállíttatott. A második világháború is megkövetelte 37 csíkkozmási lakos életét.
Csíkkozmás lakosságának nagy részét nagyon érzékenyen érintette az államositás, habár már lehetett munkahelyeket kapni a környező városokban, mégis az emberekben azt az érzést keltette a földek elvétele, mintha kihúzták volna a lába alól a megélhetési lehetőséget. Nagyon sokan ellenezték, de mivel nem csak szépszóval történt az egész kollektivizálás, hanem fizikai bántalmazásokkal és börtönbüntetésekkel is, ezért nem volt mit tenni.
Az 1989-es váltózás után, a lakosság visszakapta a földjeit, a Termelő Szövetkezet helyén megalakult a Nyerges mezőgazdasági társulat, amely mind a mai napig műveli a társulat tagjainak a szántóföldjeit.Voltak gazdák, akik a szántóföldeket is kimérették és saját maguk művelik meg. Ma már több kisebb nagyobb magángazda van Csíkkozmáson, akik a saját földjük mellett, még bérelnek is.
A falu életében nagy változást hozzott a XXI század, ugyanis 2002-ben a Csíkkozmási és Lázárfalvi lakosok arról döntöttek szavazataikkal, hogy közigazgatásilag leválnak Csíkszentmártontól, kifejezve ezáltal elégedetlenségüket azon 1968-as önkényes intézkedésnek, miszerint több kisebb községet összevontak, köztük Csíkkozmást Csikszentmártonnal. Ennek az intézkedésnek következtében lemaradt fejlődésben a szomszéd községekhez viszonyítva. E “letargiából” a kivezető út 2002-ben mutatkozott meg. A hivatal 2002. április 22-én kezdte meg tevékenységét a régi székház épületében Bodó Dávid polgármesterrel. Legelőször a hivatal épületét javították fel, majd sorra következtek a közintézmények. A kozmási, valamint a lázárfalvi kultúrotthonok modernizálása, az iskolák felújítása a már említett településeken. A csíkkozmási V- VIII osztályos iskolába helyezték el a könyvtárat, melynek állományát megvásárolták. Óvodákat, orvosi rendelőt renováltak és bővítettek. Csíkkozmáson vették meg azt az épületegyüttest, melyben az ifjusági szervezet kapott helyet. Napjainkban, az épület egyik részében multifunkcionális közösségi ház, a másikban a rendőrség kapot helyet. Lázárfalván az Udvari-féle házat vásárolták meg, melyet később modernizáltak.
Nem messze a falutól, Sószékben, gyógyhatású sós víz tör fel a föld alól. Itt 2003-ban a kaláka programmal sikerült felújítani a hajdani fürdőt a polgármesteri hivatal és a csíkkozmási közbirtokosság segítségével. Azóta sokan rendszeresen járnak ide betegségük kezelésére, ugyanakkor a fiataloknak is kedvenc szórakozóhelye. Itt megépítették a Grottát (kultikus emlékhely), amelyet főegyházmegyei méltóságok szenteltek fel, és a megyei tanács egy kulcsosházat építtetett, ezzel is hozzájárulva községünk és a turizmus fejlődéséhez.
Csíkkozmás önállosodása bizonyos szempontból jókór történt, ugyanis a falu 770 ha. erdővel rendelkezik, ami jó anyagi forrást jelent a falunak. 2002. március elején viszont hatalmas szélvihar tombolt, minek következtében mintegy 70 000 köbméter fát kellett kitermelni. Sajnos a nagy mennyiség miatt, károk is keletkeztek, de az újjá alakult községnek jelentős bevétele származott a fa kitermeléséből. Ezen jövedelem pedig elegendő anyagi forrásként szolgált az elinduláshoz és a fejlődéshez.
Ezek olyan változások, melyeket bárki megfigyelhet, hiszen Csíkkozmás ma virágzó község. Nem véletlenül ítélték oda 2004-ben ennek a községnek a megye legtisztább és legrendezettebb településének kijáró díjat.
Csíkkozmás területén a legjelentőssebb műemléken, a templomon kívül más műemlékek is megtalálható, ilyen a Kovács-féle ház (1882-ben épült), amelyben ma a falumúzeum található, a fogadalmi keresztek, a papilak, amely az udvarház jellegét az 1883-as átépítéssel nyerte vagy a XVI századi székely nemesi kúria, a Becz-kúria, amelynek a régészeti ásatások során előkerült maradványai a falu Csíkszereda felöli bejáratánál találhatók.
Csíkkozmásnak több híres szülöttje volt és van, többek között itt született 1824-ben Bálint Gyula költő, műfordító, 1900-ban Lőrincz Ernő András orvos, szülész-nőgyógyász, egyetemi tanár, 1913-ban Kelemen Béla nyelvész, az első magyar – román szótár szerkesztője, 1926-ban Máthé Jakab magyar nyelvész, 1939-ben Gergely István szobrász, akinek a templomban látható a Szent József szobra vagy a Dr. Boga Alajos plakettje, 1950-ben Szász-Mihálykó Attila műfordító, kulturális szakirányító, ugyancsak itt született 19 és munkálkodott Máté Jenő kovácsmester 1920-ban aki Zsögödi Nagy Imre festményeit is reprodukálta kovácsoltvasból vagy Gergely Zoltán szobrászművész 1973-ban aki többek között Márton Áron gyulafehérvári szobrát és a szarkofágját is faragta.
Mindezek közül viszont talán a legkiemelkedőbb Dr. Boga Alajos aki 1886 február 18-án született Boga Alajos és Boga Katalin szülők fiaként. Alig 11 éves, amikor édesanyját elveszíti.
Elemi iskolai tanulmányait szülőfalujában végezte. Csíksomlyón és Székeludvarhelyen járt gimnáziumba, teológiát a bécsi Pazmaneumban tanult.
1910. július 13-án szentelték pappá. Az I. Világháború éveiben tábori lelkész. 1931-től az Erdélyi Katolikus Státus referense. Püspöki tanácsos, a gyulafehérvári Székeskáptalan tagja, 1933-tól, mint ifjabb Iskoláskanonok. 1933-tól egyházmegyei főtanfelügyelővé nevezték ki.
Amikor Márton Áron püspököt a román titkos rendőrség 1949. június 21-én a Gyulafehérvár és Tövis közötti országúton csellel elrabolta, Boga Alajos általános helynök vette átt az egyházmegye kormányzását. Tudatában volt annak, az egyházmegye vezetésében követi püspökének Róma iránti hűségét, akkor követnie kell öt majd a börtönbe is.
1950. Május 10-ről 11-re virradó éjszaka tartóztatták le Gyulafehérvárott Boga Alajos vikáriust és titkárát, Dávid Lászlót, továbbá Glaser Márk jászvásárhelyi püspöki helynököt. Dr. Dávid László elbeszéléséből tudjuk, hogy amikor a hatósági emberek megjelentek Boga Alajosnál, hogy letartoztassák, nagy nyugalommal vette kezébe bőröndjét, amelyet már jó előre elkészített. Fejére tette kalapját, majd sétabotjával olyan nyugodtan indult, mintha a közeli helységbe utazna.
A văcărești-i, majd a máramarosszigeti börtönbe hurcolták, ahol mindvégig ítélet nélkül tartották fogva. A börtönben is komoly lelkiéletet élt, tartotta a lelket paptársaiban. 1954. szeptember 14-én, a Szent Kereszt Felmagasztalásának ünnepén hunyt el. Ismeretlen sírban, valószínűleg a Tisza-parti csárdai vagy szegények temetőjében nyugszik. Vértanúságával beigazolta, hogy lehetünk mi is szentek.
A jelenben Csíkkozmáson több önkéntes csoport működik, amelyek a közösségépítésben és a falu hírnevének öregbítésében vállalnak hatalmas szerepet: A Bojzás néptánccsoport és a Tuzson János fúvósegylet számos belföldi és külföldi fellépésen van túl, ahol nagy elismeréseket szereztek; a helyi önkéntes tűzoltóalakulat többször vett részt tüzoltóversenyeken, sőt nyert is ilyent, de rendszeresen bíztosítanak különböző rendezvényeket, vagy akár segítenek vészhelyzetekben is; a csíkkozmási Komisz labdarugócsapat rendszeres résztvevője a nagypályás Csík-körzeti bajnokságnak, de 2017-ben megnyerte a teremlabdarugó Csík-körzeti bajnokságot; az Olajág Asszonyközösség és a Csíkkozmási Plébániai Ifjúsági Zenecsoport a vallás terén teszi meghittebbé a falu életét többek között lelki napok, ifiusági misék szervezésével; a házasok egyesülete is számos rendezvényt szervez, de fiatalok is rendszerint rendeznek szüreti, vagy 18 éves bált vagy évente kortárstalálkozókra is sor kerül; helyi motorosok összefogásával készült el egy kiváló minőségű motokrossz és enduro-krossz pálya amelynek eredményeképpen évente rendeznek országos bajnokság-futamot és más amatőr bajnokságokat, de rendeztek több alkalommal autós gyorsulási versnyt is.
A fentiek nagyban hozzájárulnak ahhoz, hogy Csíkkozmás Alcsík egyik jelentős települése legyen, mivel egy kezdeményező és tenni vágyó közösség alkotja, mindig arra törekedik, hogy a település egy kellemes és tartalmas hely legyen az itt élők és az idelátogatók számára.